Phylogenetic and developmental evidence supporting reclassification of cruciferous pathogens Phoma lingam and Phoma wasabiae in Plenodomus

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Abstract

To evaluate the classification of Phoma lingam (Tode:Fr.) Desm. and Phoma wasabiae Yokogi in the genus Phoma, a phylogenetic study of Phoma spp. was conducted using ribosomal DNA internal transcribed spacer 1 sequences. The majority of the Phoma species included in the study clustered in a Phoma-Didymella clade (Venturiaceae). Phoma lingam and P. wasabiae consistently clustered outside of the Phoma-Didymella clade, instead forming the Plenodomus clade (Leptosphaeriaceae). This result supports classification of P. lingam and P. wasabiae in Plenodomus as has been proposed by earlier investigators. Features of the morphology and development of pycnidia of Phoma americana Morgan-Jones&White and P. lingam suggest that Phoma and Plenodomus may also be distinguishable morphologically. Our results suggest that difficulties of identification and classification in Phoma may be resolved by using a phylogenetic approach to classification.

Afin d'évaluer la classification du Phoma lingam (Tode:Fr.) Desm. et du Phoma wasabiae Yokogi, les auteurs ont effectué une étude phylogénétique en utilisant les séquences de l'espaceur interne transcrit 1 de l'ADN ribosomal. La majorité des espèces de Phoma soumises à cette étude se regroupent dans un clade Phoma-Didymella (Venturiaceae). Les P. lingam et P. wasabiae se retrouvent nettement en dehors du clade Phoma-Didymella, formant plutôt le clade Plenodomus (Leptosphaeriaceae). Ces résultats supportent la classification des P. lingam et P. wasabiae dans les Plenodomus tel que proposé plus tôt par d'autres chercheurs. Les caractéristiques de la morphologie et du développement des pycnidies du Phoma americana Morgan-Jones&White et du P. lingam suggèrent que les Phoma et les Plenodomus peuvent aussi être distingués morphologiquement. Les résultats suggèrent que les difficultés d'identification et de classification des Phoma peuvent être résolues en basant leur classification sur la phylogénie.

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