A chloroplast DNA hairpin structure provides useful phylogenetic data within tribe Senecioneae (Asteraceae)

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Abstract

The distribution of an inversion associated with a small hairpin structure in the psbA–trnH intergenic spacer region of chloroplast DNA was surveyed to determine its phylogenetic utility within the tribe Senecioneae of the Asteraceae. Over 2000 sequences were examined from a wide range of angiosperms. Although the inversion is homoplasious in a number of taxonomic groups, including the Senecioneae, it still provides useful phylogenetic information, especially when point substitutions in both the stem and loop regions are scored along with the inversion. The presence of two nested inversions within the hairpin structure allows it to be treated as a partially ordered multistate character, adding to its potential utility as a phylogenetic marker.

Les auteurs ont examiné la distribution d'une inversion associée à une petite structure en épingle à cheveux, de la région de l'espaceur intergénérique psbA–trnH de l'ADN chloroplastique, afin de déterminer son utilité phylogénétique au sein de la tribu des Senecioneae, chez les Asteraceae. Ils ont examiné plus de 2000 séquences, à partir d'un grand ensemble d'angiospermes. Bien que l'inversion soit homoplasique dans un certain nombre de groupes taxonomiques, incluant les Senecioneae, elle fournit tout de même de l'information phylogénétique utile, surtout lorsque les points de substitution dans les régions de la tige et de la loupe sont notés en même temps que l'inversion. La présence de deux inversions localisées dans la structure en épingle à cheveux permet de la traiter comme un caractère descripteur multiple partiellement ordonné, ce qui ajoute à son utilité potentielle comme marqueur phylogénétique.

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