Group-specific differentiation of Rhizobium from clover species by PCR amplification of 23S rDNA sequences

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Abstract

Two 20-bp primers that provide group-specific detection of Rhizobium spp. by polymerase chain reaction (PCR) have been used to differentiate strains that belong to different effectiveness groups within the Rhizobium-Trifolium cross-inoculation group. The target for DNA amplification was a 370-bp fragment of the 23S rDNA region. Analysis of additional root-nodule forming, as well as root-associated bacterial species by PCR-primer assay revealed that variability within this 20-bp segment of the 23S rDNA region may be widespread and provide an effective identification tool. Our data suggest that strains of Rhizobium isolated from the perennial clover Trifolium semipilosum may be phylogenetically more closely related to Rhizobium etli.

Deux amorces de 20-pb permettant de détecter spécifiquement par réaction de polymérisation en chaîne (PCR) le groupe de Rhizobium ont servi à différencier des souches qui appartiennent à divers groupes d'efficacité à l'intérieur du groupe d'inoculation croisée Rhizobium-Trifolium. La cible de l'amplification de l'ADN était un fragment de 370-pb de la région 23S de l'ADNr. L'analyse amorce-PCR d'autres espèces bactériennes responsables de la formation de nodules sur les racines ou d'espèces associées aux racines a révélé que la variabilité dans ce segment de 20-pb de la région 23S de l'ADNr pouvait être largement répandue et qu'elle fournissait un outil d'identification efficace. Nos résultats laissent croire que les souches de Rhizobium isolées du trèfle vivace Trifolium semipilosum seraient phylogénétiquement plus apparentées à Rhizobium etli. [Traduit par la Rédaction]

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