Detection of the Escherichia coli pathogenic gene eae with three real-time polymerase chain reaction methods

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Abstract

Several real-time polymerase chain reaction (PCR) methods are currently available to rapidly detect the presence of a specific DNA sequence. When used for detection of pathogenic organisms, the turnaround time for PCR-based methods is much lower than for traditional culture techniques. This study compared the sensitivity of three real-time PCR methods when detecting the Escherichia coli pathogenic gene eae to determine which method is most effective in identifying very low levels of the organism. The three methods were used to detect the eae gene over a range of DNA concentrations. The differences in sensitivity were statistically significant (p < 0.05), and SYBR Green I PCR was found to have the lowest detection limit of the three; LUX primers had the highest detection limit. Therefore, using a defined DNA concentration for detecting the eae gene, SYBR Green I is the best alternative.

Plusieurs méthodes de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) en temps réel sont maintenant disponibles afin de détecter rapidement la présence d’une séquence d’ADN spécifique. Lorsqu’il s’agit de détecter la présence d’organismes pathogènes, les délais de réalisation de ces méthodes à base de PCR sont beaucoup plus courts que ceux requis par les techniques de culture traditionnelles. Cette étude a comparé la sensibilité de trois méthodes de PCR en temps réel pour détecter le gène pathogène eae de Escherichia coli, afin de déterminer la méthode la plus efficace pour identifier cet organisme en faible quantité. Ces trois méthodes ont été utilisées pour détecter le gène eae sur une certaine étendue de concentrations d’ADN. Les différences de sensibilité étaient statistiquement significatives (p < 0,05), le PCR SYBR Green I ayant la limite de détection la plus faible des trois, alors que la méthode par amorce LUX™ avait la limite la plus élevée. Ainsi, en utilisant une concentration définie d’ADN pour détecter le gène eae, la méthode SYBR Green I devrait constituer le meilleur choix.

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