Phenotypic and molecular characterization of chickpea rhizobia isolated from different areas of Tunisia

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Abstract

Several phenotypic markers were used in this study to determine the biodiversity of rhizobial strains nodulating Cicer arietinum L. in various areas of Tunisia. They include symbiotic traits, the use of 21 biochemical substrates, and tolerance to salinity and pH. In addition, restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) of PCR-amplified 16S rDNA were compared with those of reference strains. Numeric analysis of the phenotypic characteristics showed that the 48 strains studied fell into three distinct groups. This heterogeneity was highly supported by the RFLP analysis of 16S rRNA genes, and two ribotypes were identified. Chickpea rhizobia isolated from Tunisian soils are both phenotypically and genetically diverse. Results showed that 40 and 8 isolates were assigned, respectively, to Mesorhizobium ciceri and Mesorhizobium mediterraneum.

Plusieurs marqueurs phénotypiques ont été utilisés afin de déterminer la biodiversité des souches rhizobiales nodulant Cicer arietinum L., à différents endroits de la Tunisie. Ces marqueurs incluent les traits symbiotiques, l’utilisation des 21 substrats biochimiques et la tolérance à la salinité et au pH. De plus, les polymorphismes des longueurs de fragments de restriction (RFLP) des ADNr 16S amplifiés par PCR ont été comparés à ceux de souches de référence. Une analyse numérique des caractéristiques phénotypiques a montré que les 48 souches étudiées appartiennent à trois groupes distincts. Cette hétérogénéité est fortement supportée par l’analyse en RFLP des gènes d’ARNr 16S et deux types ribosomaux ont été identifiés. Les rhizobiums du pois chiche isolés des sols tunisiens sont phénotypiquement et génotypiquement divers. Les résultats montrent que 40 et 8 isolats ont été assignés respectivement à Mesorhizobium ciceri et Mesorhizobium mediterraneum.

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