Linkage group alignment from four independent Brassica oleracea RFLP maps

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Abstract

A Brassica oleracea linkage map was constructed from an F2 population of 69 individuals with sequences previously mapped independently in three linkage maps of this species. These were the maps published by Kianian and Quiros (1992), Landry et al. (1992), and Camargo et al. (1997). The base map developed in this study consisted of 167 RFLP loci in nine linkage groups, plus eight markers in four linkage pairs, covering 1738 cM. Linkage group alignment was also possible with a fourth map published by Ramsay et al. (1996), that contained loci in common with the map of Camargo et al. (1997). Common sequences across the mapping populations served to align most of the linkage groups of the independently developed maps. In general, consistent linear order among markers was maintained, although often the distances between markers varied from map to map. A linkage group in the map of Landry et al. carrying a clubroot resistance QTL and consisting of markers from two other linkage groups, was found to be rearranged. This was not surprising, considering that the resistance gene was introgressed from Brassica napus. The extensively duplicated nature of the C genome was revealed by 19 sequences detecting duplicated loci within chromosomes and 17 sequences detecting duplicated loci between chromosomes. The variation in mapping distances between linked loci pairs on different chromosomes demonstrated that sequence rearrangement is a distinct feature of this genome. Although the consolidation of all linkage groups in the four B. oleracea maps compared was not possible, the present work served to add a considerable number of markers to corresponding linkage groups. Some of the chromosome segments in particular, were enriched with many markers that may be useful for future gene tagging or cloning. It will be possible in the future to complete the consolidation of all four maps as new loci are added to each map.

Une carte génétique de Brassica oleracea a été assemblée à l'aide d'une population de 69 individus F2 en utilisant des séquences précédemment placées sur trois cartes génétiques indépendantes chez cette espèce. Ces cartes antérieures étaient celles de Kianian et Quiros (1992), Landry et al. (1992) et Camargo et al. (1997). La carte intégrée assemblée au cours de ce travail s'étend sur 1738 cM et elle comprend 167 loci RFLP formant neuf groupes de liaison de même que huit marqueurs (quatre paires de marqueurs liés). Un alignement a également pu être réalisé avec une quatrième carte produite par Ramsay et al. (1996), laquelle comprenait des loci en commun avec celle de Camargo et al. (1997). Des séquences communes employées chez les diverses populations de cartographie ont permis d'aligner la plupart des groupes de liaison des cartes qui avaient été développées indépendamment. En général, l'ordre des marqueurs était conservé bien que la distance entre ceux-ci variait d'une carte à une autre. Un groupe de liaison portant un QTL de résistance à la hernie des crucifères dans la carte de Landry s'est avéré réarrangé et il comprenait des marqueurs provenant de deux autres groupes de liaison. Ceci n'est pas surprenant car le gène de résistance provenait du génome du Brassica napus. Le génome C a fait montre de nombreuses duplications tel que révélé par 19 séquences détectant des loci dupliqués parmi les chromosomes et de 17 séquences détectant des séquences dupliquées entre chromosomes. La variation au niveau de la distance séparant des paires de loci situés sur différents chromosomes montre que les réarrangements de séquences constituent une caractéristique distinctive de ce génome. Bien que l'intégration de tous les groupes de liaison n'ait pas été possible pour l'ensemble des quatre cartes, le présent travail a permis d'ajouter un nombre considérable de marqueurs aux groupes de liaison correspondants. Certains segments chromosomiques ont été particulièrement bonifiés par l'ajout de nombreux marqueurs ce qui pourra s'avérer utile pour de futurs travaux d'étiquetage ou de clonage. Il deviendra possible à l'avenir de compléter l'intégration des quatre cartes au fur et à mesure que de nouveaux marqueurs seront ajoutés à chaque carte.

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