Analysis of expressed sequence tags from a naked foraminiferan Reticulomyxa filosa

    loading  Checking for direct PDF access through Ovid

Abstract

Foraminifers are a major component of modern marine ecosystems and one of the most important oceanic producers of calcium carbonate. They are a key phylogenetic group among amoeboid protists, but our knowledge of their genome is still mostly limited to a few conserved genes. Here, we report the first study of expressed genes by means of expressed sequence tag (EST) from the freshwater naked foraminiferan Reticulomyxa filosa. Cluster analysis of 1630 valid ESTs enabled the identification of 178 groups of related sequences and 871 singlets. Approximately 50% of the putative unique 1059 ESTs could be annotated using Blast searches against the protein database SwissProt + TrEMBL. The EST database described here is the first step towards gene discovery in Foraminifera and should provide the basis for new insights into the genomic and transcriptomic characteristics of these interesting but poorly understood protists.

Les Foraminifères sont un des composants majeurs des écosystèmes marins actuels de même qu'ils font parties des plus importants producteurs océaniques de carbonate de calcium. Ils représentent un groupe d'organismes phylogénétiquement très important parmi les protistes amoeboïdes mais notre connaissance de leur génome est pour l'instant limitée à quelques gènes très conservés. Dans cet article, nous rapportons la première étude de gènes exprimés du foraminifère d'eau douce et sans test Reticulomyxa filosa. Le regroupement de 1630 étiquettes de gènes exprimés (ESTs) a permis l'identification de 178 groupes de séquences similaires ainsi que de 871 séquences uniques. Approximativement 50% de ces 1059 séquences, supposées uniques, ont pu être annotées grâce à des recherches de similarité dans la banque de donnée protéique SwissProt + Trembl. La base de donnée décrite ici est une première étape dans la découverte de nouveaux gènes chez les foraminifères et devrait ouvrir de nouvelles perspectives dans la caractérisation du génome et du transcriptome de ces protistes intéressants mais peu connus. [Traduit par la Rédaction]

Related Topics

    loading  Loading Related Articles