Determination of mRNA half-lives in Candida albicans using thiolutin as a transcription inhibitor

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Abstract

A method for determining mRNA half-lives in the polymorphic fungus Candida albicans is described. It employs growth in a defined medium, the inhibition of transcription with thiolutin (10–20 µg/mL), and quantitative Northern blotting. The method is effective for the A72, SC5314, and CAI-4 strains of C. albicans, and for mRNAs that have a wide variety of decay rates and steady-state abundances. The range of half-lives detected (from 4–168 min) shows that this method is effective for mRNAs with widely varying half-lives. The mRNA decay rates obtained are compared with those for orthologous mRNAs from Saccharomyces cerevisiae. This procedure should work for a broad range of C. albicansstrains and can be adapted to other fungal species.

Une méthode pour déterminer la demi-vie des ARNm chez le champignon polymorphe Candida albicans est décrite. Elle fait appel à la culture en milieu défini, à l'inhibition de la transcription avec la thiolutine (10–20 µg/mL) et une analyse Northern quantitative. La méthode fonctionne pour les souches A72, SC5314 et CAI-4 du C. albicans et pour des ARNm dont les taux de dégradation et l'abondance à l'équilibre varient grandement. La gamme de demi-vies observées, 4 à 168 minutes, montre que cette méthode permet de mesurer des demi-vies très différentes. Les taux de dégradation obtenus ont été comparés à ceux d'ARN orthologues chez le Saccharomyces cerevisiae. Ce protocole devrait fonctionner chez une grande gamme de souches du C. albicans et pourrait s'adapter à d'autres espèces fongiques. [Traduit par la Rédaction]

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