Development and linkage mapping of E-STS and RGA markers for functional gene homologues in apple

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Abstract

Linkage maps developed from known-function genes can be valuable in the candidate gene mapping approach. A set of 121 expressed sequence tagged site (E-STS) primer pairs were tested on a framework genetic linkage map of apple (Malus× domestica Borkh.) constructed using simple sequence repeats (SSRs) and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. These known-function gene markers, E-STSs, were supplemented by markers for resistance gene analogues (RGAs), designed based on conserved motifs in all characterized resistance genes isolated from plant species. A total of 229 markers, including 46 apple E-STSs, 8 RGAs, 85 SSRs from apple and peach, and 88 RAPDs, were assigned to 17 linkage groups covering 832 cM of the apple genome, based on 52 individuals originating from the cross 'Antonovka debnicka' (Q12-4) × 'Summerred'. Clusters of E-STS and RGA loci were located in linkage groups previously identified to carry resistance genes, some of which confer resistance to apple scab disease caused by Venturia inaequalis(Cke.) Wint.

Des cartes génétiques élaborées à l'aide de gènes de fonction connue sont utiles dans le cadre de stratégies de clonage par gène candidat. Cent vingt et une paires d'amorces amplifiant des étiquettes de gènes exprimés (E-STS) ont été utilisées pour situer ces gènes sur une carte de référence chez le pommier (Malus x domestica Borkh.), laquelle était constituée de microsatellites (SSR) et de marqueurs RAPD. Ces marqueurs pour des gènes de fonction connue ont été bonifiés à l'aide de marqueurs pour des analogues de gène de résistance (RGA) conçus sur la base motifs conservés chez tous les gènes de résistance provenant de plantes. Au total, 229 marqueurs dont 46 E-STS et 8 RGA de pommier, 85 SSR de pommier ou de pêcher et 88 RAPD ont été assignés à 17 groupes de liaison couvrant 832 cM en analysant 52 progénitures du croisement entre 'Antonovka debnicka' (Q12-4) × 'Summerred'. Des groupes de locus E-STS et RGA ont été trouvés sur des groupes de liaison déjà connus comme étant porteurs de gènes de résistance, certains conférant la résistance à la tavelure causée par le Venturia inaequalis (Cke.) Wint. [Traduit par la Rédaction]

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