Isolation, characterization, and linkage analyses of 74 novel microsatellites in Barramundi (Lates calcarifer)

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Abstract

Barramundi (Lates calcarifer) is an important marine food fish species in Southeast Asia and Australia. Seventy-four novel microsatellites were isolated from a genomic DNA library enriched for CA repeats and were characterized in 24 unrelated individuals. Among the 74 microsatellites, 71 were polymorphic, with an average allele number of 7.0 ± 3.6/locus. The average expected heterozygosity of these polymorphic markers was 0.66. Sixty-three of the 71 polymorphic microsatellites conformed to Hardy–Weinberg equilibrium. Linkage analyses were conducted in a reference family, leading to the assignment of 34 novel microsatellites and 16 published markers in 16 linkage groups. The novel microsatellites developed in this study will contribute significantly to the construction of a first-generation linkage map for mapping of quantitative trait loci in Barramundi, and supply a large choice of markers for studies on population genetics, stock management, and pedigree reconstruction.

Le loup tropical ou barramundi (Lates calcarifer) constitue une importante ressource halieutique en Asie du sud-est et en Australie. Soixante-quatorze nouveaux microsatellites ont été isolés d'une banque génomique enrichie en répétitions CA et ont été caractérisés chez 24 individus sans lien de parenté. Des 74 microsatellites, 71 étaient polymorphes et le nombre moyen d'allèles par locus était de 7,0 ± 3,6. L'hétérozygotie attendue moyenne pour ces marqueurs polymorphes était de 0,66. Soixante-trois des 71 microsatellites polymorphes étaient en équilibre Hardy–Weinberg. Des analyses de liaison génétique ont été réalisées chez une famille de référence, permettant de placer 34 des nouveaux microsatellites et 16 marqueurs déjà publiés sur 16 groupes de liaison. Les nouveaux microsatellites issus de ce travail vont contribuer significativement à l'établissement d'une carte génétique de première génération pour des fins de cartographie de QTL chez le barramundi et fournir un vaste choix de marqueurs pour des études portant sur la génétique des populations, la gestion des stocks et la reconstruction de pedigrees. [Traduit par la Rédaction]

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