The genome of : determination of size, complexity, and structure by DNA reassociation using fluorescent dyeOscheius tipulae: determination of size, complexity, and structure by DNA reassociation using fluorescent dye

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Abstract

This work describes the physicochemical characterization of the genome and telomere structure from the nematode Oscheius tipulae CEW1. Oscheius tipulae is a free-living nematode belonging to the family Rhabditidae and has been used as a model system for comparative genetic studies. A new protocol that combines fluorescent detection of double-stranded DNA and S1 nuclease was used to determine the genome size of O. tipulae as 100.8 Mb (approximately 0.1 pg DNA/haploid nucleus). The genome of this nematode is made up of 83.4% unique copy sequences, 9.4% intermediate repetitive sequences, and 7.2% highly repetitive sequences, suggesting that its structure is similar to those of other nematodes of the genus Caenorhabditis. We also showed that O. tipulae has the same telomere repeats already found in Caenorhabditis elegans at the ends and in internal regions of the chromosomes. Using a cassette-ligation-mediated PCR protocol we were able to obtain 5 different putative subtelomeric sequences of O. tipulae, which show no similarity to C. elegans or C. briggsae subtelomeric regions. DAPI staining of hermaphrodite gonad cells show that, as detected in C. elegans and other rhabditids, O. tipulae have a haploid complement of 6 chromosomes.

Dans ce travail, les auteurs décrivent la caractérisation physicochimique du génome et de la structure des télomères chez le nématode Oscheius tipulae (souche CEW1). Oscheiustipulae est un nématode libre appartenant à la famille des Rhabditidés qui est employé comme système modèle en génétique comparée. Un nouveau protocole combinant la détection en fluorescence d'ADN bicaténaire et la nucléase S1 a été employé pour estimer à 100,8 Mp (environ 0,1 pg d'ADN/noyau haploïde) la taille du génome chez l'O. tipulae. Le génome de ce nématode est composé à 83,4% de séquences uniques, 9,4% de séquences modérément répétées et 7,2% de séquences très répétées. Cela suggère que la structure de ce génome est semblable à celui d'autres nématodes du genre Caenorhabditis. Les auteurs montrent également que les répétitions télomériques présentes chez le Caenorhabditis elegans le sont également aux extrémités et dans des régions internes des chromosomes chez l'O. tipulae. À l'aide d'un protocole de PCR par ligature de cassette, les auteurs ont obtenu 5 séquences subtélomériques putatives différents chez l'O. tipulae qui ne montraient aucune similitude avec les régions subtélomériques du C. elegans ou du C. briggsae. Une coloration au DAPI des cellules des gonades a montré que l'O. tipulae possède un jeu haploïde de 6 chromosomes, tout comme le C. elegans et d'autres rhabditidés. [Traduit par la Rédaction]

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