Data mining for miRNAs and their targets in the Triticeae

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Abstract

MicroRNAs (miRNAs) and the mRNA targets of miRNAs were identified by sequence complementarity within a DNA sequence database for species of the Triticeae. Data screening identified 28 miRNA precursor sequences from 15 miRNA families that contained conserved mature miRNA sequences within predicted stem-loop structures. In addition, the identification of 337 target sequences among Triticeae genes provided further evidence of the existence of 26 miRNA families in the cereals. MicroRNA targets included genes that are homologous to known targets in diverse model species as well as novel targets. MicroRNA precursors and targets were identified in 10 related species, though the great majority of them were identified in bread wheat, Triticum aestivum, and barley, Hordeum vulgare, the two species with the largest EST data sets among the Triticeae.

Les microARN (miARN) et les ARNm ciblés par les miARN ont été identifiés par complémentarité des séquences au sein d'une base de données de séquences d'ADN pour des espèces appartenant aux hordées. Le crible des séquences a permis d'identifier 28 précurseurs de miARN appartenant à 15 familles de miARN qui affichaient des séquences matures conservées typiques des miARN au sein de structures en épingles. De plus, l'identification de 337 séquences cibles au sein de gènes provenant d'espèces appartenant aux hordées apporte des évidences additionnelles en faveur de l'existence de 26 familles de miARN chez les céréales. Les cibles des miARN comprenaient des gènes qui sont des homologues de cibles connues chez diverses espèces modèles ainsi que des cibles inédites. Les précurseurs de miARN et leurs cibles ont été identifiés chez 10 espèces apparentées, bien que la majorité d'entre elles aient été identifiées chez le blé tendre, Triticum aestivum, et l'orge, Hordeum vulgare, les deux espèces possédant les plus vastes collections d'EST chez les hordées.

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