Ribosomal genes of Histoplasma capsulatum var. duboisii and var. farciminosum

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Abstract

Summary.

A total of 1704 basepairs of the 18S rDNA of Histoplasma capsulatum var. duboisii (HCD, strain CBS175.57) and H. capsulatum var. farciminosum (HCF, strain CBS478.64) were sequenced (EMBL accession no. Z75306 and no. Z75307). The 18S rDNA of HCD was 100% identical to a published sequence of H. capsulatum var. capsulatum (HCC). The 18S rDNA of HCF showed one transversional point mutation at the nucleotide position 114 (ref. Saccharomyces cerevisiae). Hybridization confirmed that, in the 18S rDNA of two out of five strains of HCF, guanine was substituted for cytosine at the nucleotide position 114. Furthermore, identical group 1C1 introns (403 bp) were found to be inserted after position 1165 in four out of five strains of HCF, including the two strains with point mutations in the 18S rDNA, and a slightly different group 1C1 intron (408 bp) was detected in one strain of HCC without this point mutation. Intraspecific sequence variability in the highly conserved 18S rDNA because of occurrence of introns and mutations as a possible source of error in molecular diagnostics is discussed. In addition, internal transcribed spacer regions between the 18S rDNA and the 5.8S rDNA (ITS1) of three strains of HCF, and one strain each of HCC and HCD showed significant sequence variability between varieties and strains of H. capsulatum.

1704 Basenpaare der 18S rDNA von Histoplasma capsulatum var. duboisii (HCD, strain CBS175.57) und H. capsulatum var. farciminosum (HCF, strain CBS478.64) wurden sequenziert (EMBL accession #Z75306 und #Z75307). Die 18S rDNA von HCD war 100% identisch mit einer publizierten Sequenz von H. capsulatum var. capsulatum (HCC). Die 18S rDNA von HCF zeigte eine Punktmutation an der Nukleotid-Position 114 (ref. Saccharomyces cerevisiae). Die Hybridisierung bestätigte, daß an der Nukleotid-Position 114 der 18S rDNA bei 2 von 5 Stämmen von HCF Guanin durch Cytosin ersetzt war. Außerdem waren identische Gruppe 1C1-Introns (403 bp) bei 4 von 5 Stämmen von HCF, einschließlich der 2 Stämme mit Punktmutationen in der 18S rDNA, nach der Position 1165 eingefügt. Ein geringfügig unterschiedliches Gruppe 1C1-Intron (408 bp) wurde in einem Stamm von HCC ohne diese Punktmutation nachgewiesen. Intraspezifische Sequenz-Variabilität innerhalb der hochkonservierten 18S rDNA aufgrund des Vorkommens von Introns und Mutationen wird als eine mögliche Quelle von Fehlern in der molekularen Diagnostik diskutiert. Weiterhin zeigten interne transkribierte Spacer-Regionen zwischen der 18S rDNA und der 5,8S rDNA (ITS1) von 3 Stämmen von HCF und jeweils von 1 Stamm von HCC und HCD eine beträchtliche Sequenz-Variabilität zwischen den Varietäten und Stämmen von H. capsulatum.

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