Cystic echinococcosis in South America: systematic review of species and genotypes ofEchinococcus granulosus sensu latoin humans and natural domestic hosts

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Abstract

OBJECTIVE

To systematically review publications on Echinococcus granulosus sensu lato species/genotypes reported in domestic intermediate and definitive hosts in South America and in human cases worldwide, taking into account those articles where DNA sequencing was performed; and to analyse the density of each type of livestock that can act as intermediate host, and features of medical importance such as cyst organ location.

METHODS

Literature search in numerous databases. We included only articles where samples were genotyped by sequencing since to date it is the most accurate method to unambiguously identify all E. granulosus s. l. genotypes. Also, we report new E. granulosus s. l. samples from Argentina and Uruguay analysed by sequencing of cox1 gene.

RESULTS

In South America, five countries have cystic echinococcosis cases for which sequencing data are available: Argentina, Brazil, Chile, Peru and Uruguay, adding up 1534 cases. E. granulosus s. s. (G1) accounts for most of the global burden of human and livestock cases. Also, E. canadensis (G6) plays a significant role in human cystic echinococcosis. Likewise, worldwide analysis of human cases showed that 72.9% are caused by E. granulosus s. s. (G1) and 12.2% and 9.6% by E. canadensis G6 and G7, respectively.

CONCLUSIONS

E. granulosus s. s. (G1) accounts for most of the global burden followed by E. canadensis (G6 and G7) in South America and worldwide. This information should be taken into account to suit local cystic echinococcosis control and prevention programmes according to each molecular epidemiological situation.

Objectif

Analyser systématiquement les publications sur les espèces/génotypes d’Echinococcus granulosus sensu lato rapportés chez les hôtes intermédiaires et définitifs domestiques en Amérique du Sud et chez les humains à travers le monde, en tenant compte des articles où le séquençage de l'ADN a été effectué; et analyser la densité de chaque type de bétail pouvant agir comme hôte intermédiaire, et les caractéristiques d'importance médicale telles que l'emplacement de l'organe portant le kyste.

Méthodes

Recherche de la litérature dans de nombreuses bases de données. Nous avons inclus seulement les articles où des échantillons ont été génotypés par séquençage, puisqu’à ce jour il s'agit de la méthode la plus précise pour identifier sans ambiguïté tous les génotypes d’E. granulosus s. l. En outre, nous rapportons sur de nouveaux échantillons d’E. granulosus s. l. provenant d'Argentine et d'Uruguay, analysés par séquençage du gène cox1.

Résultats

En Amérique du Sud, cinq pays ont des cas d’échinococcose cystique pour lesquels les données de séquençage sont disponibles: Argentine, Brésil, Chili, Pérou et Uruguay, portant jusqu’à 1534 cas. E. granulosus s. s. (G1) représente la plupart de la charge mondiale des cas humains et du bétail. E. canadensis (G6) joue aussi un rôle important dans l’échinococcose cystique humaine. De même, l'analyse des cas humains dans le monde a montré que 72,9% sont causés par E. granulosus s. s. (G1), 12,2% par E. canadensis G6 et 9,6% par E. canadensis G7.

Conclusions

E. granulosus s. s. (G1) représente la plupart de la charge mondiale, suivie par E. canadensis (G6 et G7) en Amérique du Sud et dans le monde. Cette information devrait être prise en compte dans les programmes locaux de lutte et de prévention de l’échinococcose cystique selon chaque situation épidémiologique moléculaire.

Objetivo

Revisar de forma sistemática las publicaciones sobre especies/genotipos de Echinococcus granulosus sensu lato reportados en hospederos domésticos intermedios y definitivos en Sudamérica y casos en humanos a nivel mundial, teniendo en cuenta aquellos artículos en los que se había llevado a cabo secuenciación de ADN; y analizar la densidad de cada tipo de ganado que puede actuar como un hospedero intermediario así como características de importancia médica tales como la localización de cistos en órganos.

Métodos

Búsqueda de literatura en muchas bases de datos. Hemos incluido solo artículos en los que las muestras fueron genotipadas mediante secuenciación puesto que los datos son los más precisos para identificar sin ambigüedad todos los genotipos de E. granulosus s. l. También hemos reportado nuevas muestras de E. granulosus s. l. de Argentina y Uruguay analizadas mediante la secuenciación del gen cox1.

Resultados

En Sudamérica, cinco países tiene casos de equinococosis quística para los cuales había datos de secuenciación disponible: Argentina, Brasil, Chile, Perú y Uruguay, para un total de 1534 casos. E. granulosus s. s. (G1) es responsable de la mayoría de la carga global de casos en humanos y ganado. También E. canadensis (G6) juega un papel significativo en la equinococosis quística humana. De forma similar, el análisis mundial de casos humanos muestra que un 72.9% están causados por E. granulosus s. s. (G1) y un 12.2% y 9.6% por E. canadensis G6 y G7, respectivamente.

Conclusiones

E. granulosus s. s. (G1) es responsable de mayor parte de la carga global, seguido por E. canadensis (G6 y G7) en Sudamérica y a nivel mundial. Esta información debería tenerse en cuenta para ajustar los programas de prevención y control de la equinococosis quística a cada situación de epidemiología molecular.

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